Kerajaan terbagi dalam wilayah sebagai berikut:
- Bhumi: pusat kerajaan, tempat kedudukan penguasa tertinggi dan kerabat istana
- Nagara: untuk padanan jaman sekarang barangkali adalah propinsi, diperintah oleh rajya atau natha (tuan), atau bhre (pangeran atau bangsawan keluarga dekat raja), bhatara, wadhana atau adipati
- Watak: setingkat kabupaten, dipimpin oleh seorang tumenggung atau wiyasa
- Kuwu: semacam kademangan dipimpin oleh lurah atau demang
- Wanua: setingkat desa, dipimpin oleh rama
- Kabuyutan: lingkungan, padukuhan, dusun kecil, dipimpin oleh seorang buyut atau rama atau kepala dukuh. Kabuyutan bisa juga diartikan sebagai kumpulan penganut keagamaan di suatu tempat.
- Rakryan Mahamantri Katrini, dijabat oleh para putra raja, terdiri atas Rakryan i Hino, Rakryan i Sirikan, dan Rakryan i Halu.
- Dewan Pelaksana terdiri atas Rakryan Mapatih atau Patih Mangkabumi, Rakryan Tumenggung, Rakryan Demung, Rakryan Rangga dan Rakryan Kanuruhan. Kelima pejabat ini dikenal sebagai Sang Panca ring Wilwatika. Di antara kelima pejabat itu Rakryan Mapatih atau Patih Mangkubumi merupakan pejabat yang paling penting. Ia menduduki tempat sebagai perdana menteri. Bersama sama raja, ia menjalankan kebijaksanaan pemerintahan.
Dalam kalender tata negara, setiap bulan pertama Caitra (sekitar Maret-April) semua utusan dari wilayah taklukan menghadap istana untuk memberikan upeti. Secara umum, tata pemerintahan Majapahit terbagi 3: keraton yang termasuk ibukota dan sekitarnya sebagai pusat pemerintahan, wilayah-wilayah di jawa Timur dan Bali yang dikepalai pejabat yang ditunjuk raja, serta raja-raja vasal negri taklukan yang memiliki otonomi luas.
